网箱养殖主要是通过人工投喂饵料来加快养殖鱼类的生长，而投喂的饵料不可避免的部分散失在水体中，对水体理化因子会产生一定的影响，主要包括：溶解氧（DO）、化学耗氧量（COD）、生化耗氧量（BOD）、总氮（TN）、三态氮、总磷（TP）、透明度等。他们是水体水质的决定性因子。

    在网箱养殖水体中，部分散失在水体中饵料和鱼类排泄物使水体中营养物质的溶度增加，悬浮物增多，从而使网箱区的透明度明显低于对照区。水体透明度的降低，使浮游植物的光合作用受到限制，从而使浮游植物通过光合作用产生的氧减少。

    然而网箱区的鱼呼吸和有机营养物质分解都需要消耗大量的溶解氧，因此网箱区的水体中的溶解氧低于对照区。杨美兰等对大鹏澳养殖水域溶解氧的变化及其与生态结构的关系的研究中表明，养殖水域溶氧水平低于非养殖水域的。

    化学需氧量（COD）是衡量水中有机物质含量多少的一个指标。化学需氧量越大，说明水体有机物的含量越多。网箱养殖区散失的饵料和鱼类排泄物等有机物是养殖区化学需氧量增大主要原因。